科学家提出一种新理论，称玛雅文明的崩溃或源自当时的极度干旱。现在更多的证据已经证实这一干旱的假定，而且证据或许就存在于伯利兹城最著名的水下洞穴。莱斯大学教授Andre Droxler带领的团队分析了发现于“大蓝洞”中的沉积物。这个深达410英尺（约125米深）的沉洞位于灯塔礁的中部。
对这些淤泥化学成分的研究不仅表明玛雅文明衰退时期（很可能在公元800年到1000年之间）有着稀疏的降雨，同时也表明第二场严重干旱或许发生在公元1000年到1100年之间，这一时期恰恰是玛雅文明的奇琴伊察市倒塌的时期。
科学家根据地质时间轴研究发现，在数千年时间里，多雨期河流和湖泊的径流将沉淀物堆积到蓝洞的泻湖中。Droxler称：“它就像一个大桶一样成为沉积物收集器。”过多的降雨也侵蚀了含有金属钛的火山岩。Droxler的研究团队发现，沉积物的矿物构成表明在玛雅文明消失时处于低降雨期。
科学家们推测，由于气候问题，雨季或许在那一时期跳过了尤卡坦半岛，最终导致灾难发生。Droxler解释称，当人们遭遇严重干旱时，就会出现饥荒和动荡，这或许就是玛雅文明崩溃的原因。